Babri Camisi davası, uzun yıllar boyunca Müslümanlar ve Hindular arasında süren anlaşmazlıktan kaynaklanıyor. Gilani, Babri Camisi'nin tarihi önemine dikkat çekerek davaya büyük emek verdiği biliniyor. Ayrıca Radikal Hinduların 1992'de yıktığı Babri Camisi'nin arsasına Hindu tapınağı inşa etme planları nedeniyle uzun süren yargı sürecinde de aktif bir rol oynamıştı. Gilani, Babri Mescidi Eylem Komitesi'nin başkanı olmasının yanı sıra farklı sivil toplum kuruluşlarıyla da ilişkisi bulunuyordu. Yargılama sonucunda arazi Hindu tapınağına ayrıldı ve Müslümanlara Ayodhya'da 2 hektarlık arazi tahsis edildi. Babri Camisi davası, ülke çapında tartışma konusu olmaya devam etmektedir.